“Guerra do Araguaia” denuncia e reconstitui o massacre de 69 pessoas que faziam parte da Guerrilha do Araguaia, ocorrida entre 1972 e 1974, na floresta amazônica no sul do Pará. Pela primeira vez, militares assumem seus crimes e descrevem em detalhes como mataram dezenas de pessoas a sangue frio. Neste conflito, houve a maior mobilização de tropas no Brasil, desde a Guerra do Paraguai e a Segunda Guerra Mundial, em que as forças militares utilizaram cerca de sete mil homens para combater e eliminar os guerrilheiros.

No local dos acontecimentos, camponeses revelam as marcas dos métodos mais cruéis de tortura. E ex-guerrilheiros, há mais de 40 anos no anonimato, falam pela primeira vez como aconteceram os combates e as mortes dos companheiros. Através dos relatos dos militares e documentos secretos, a Guerra do Araguaia é reconstituída de forma a jogar luz em um dos episódios mais obscuros da história do Brasil, ainda no anonimato.

O documentário relata todo o período dos combates entre militares e guerrilheiros, que durou mais de dois anos. Setenta jovens militantes comunistas vindos do Rio de Janeiro, São Paulo, Ceará e Bahia, contra um Exército bem armado, mas que precisou de três campanhas para derrotar os guerrilheiros quase sem armamento, mas adaptados à selva. Nas duas primeiras campanhas, os guerrilheiros cantam vitória, mas na última os militares fazem, literalmente, uma caçada, eliminando um a um, e sumindo com seus corpos. Até hoje, não se sabe o destino dos corpos de 49 pessoas desaparecidas no conflito.